楽天モバイルの電話番号宛ではないSMSをRakuten Linkが受信してしまうとは考えにくいですが、実際に起きているのですよね？どの電話番号宛にSMSを送っているか、お相手に確認はされましたか？
通信料に関してはSMSは受信無料なので気にする必要はありません。
そうは言ってもスレッドが切れてしまって話が飛んでしまうのは困りものです。

OCNモバイルONEから自分自身へSMSを送ることによりご自分で再現テストができます。最低3.3円/通の料金が掛かってしまいますが、これでRakuten Linkが受信する事例があるか確認してみてください。