今、楽天市場モバイルポイントアプリで、買い物しましたが、店側でポイントは入っているが、使えません、と出て駄目でした。何かポイントの変換みたいな工程があるのですか？

「楽天市場モバイルポイントアプリ」と言うのが良くわかりませんが、楽天市場で利用しようとされたのですか？その場合はアプリは無関係です。
楽天市場の支払い時に、「ポイントを利用する」に変更します。下記の画像をご覧ください。

いろいろすみません、楽天ポイントのアプリです。バーコードがあって、その下に利用可能総額が有ります。アプリ登録から一定期間使えない、のですか？

楽天ポイントアプリなら、楽天ポイントが使えるお店で「利用可能総額」までは使えますよ。
楽天ポイントの使えるお店と、楽天Payの使える店は違います。
楽天Payアプリを使うときは、設定で下の画像の赤枠部分にチェックを入れてください。