https://network.mobile.rakuten.co.jp/faq/detail/00001971/
には下記のように書かれていますので、端末もキャンセルでしょうね。カード決済が済んでいるとのことですので、ショップにご確認ください。

下記状況でのキャンセルは受け付けておりません。
・プラン（SIM）と製品をセットでお申し込みし、片方のみをキャンセル
※一度全てのお申し込みをキャンセルしていただいた後、改めてお申し込みください。