質問・回答

アドバイスありがとうございます。
一度mysticさんに先に返信したつもりなんですが、操作ミスか何かで消えてました。
アプリは最新バージョンでした。アプリから編集に入ると確かに電話番号が0始まりではなく+81と変わって表示されますね。↓の楽まるさんの情報にもあるのでこの辺りが原因の可能性がありそうですね。

編集画面で+81の国際電話形式になるのは仕様です。スマホも同じです。
編集画面以外では0で始まる表示になるので、これが原因ではありません。
最新バージョンでも正常動作しないのですね。同じ電話番号を別の名称で追加登録しても同じ挙動になりますか？

アドバイスありがとうございます。
Rakuten Linkの通話からダイヤルだとその入力通りに発信してて、連絡先の電話番号に81が付加されているのが原因だとすると、特に問題無く使っているユーザーさん達はみんな連絡先を編集してるんでしょうか?

自分の場合、デュアルSIMでサブ回線として楽天モバイル、メインはドコモです。なのでちょっと連絡先に手を加える気にはなりません。デュアルSIMだと楽天モバイル回線をデフォにしてしかもWi-Fiとかではなく楽天回線で接続してないと非通知になるって認識してて確かにその辺りも関係しているのかもですね。

+81の情報は他の要因なのか、確かに電話番号の登録は変更しませんよね。

デュアルSIMで楽天をサブでご利用だと非通知の可能性が高そうですが、

通話から同じ番号にダイヤルで発信すれば繋がります。

とあるので非通知が原因とも考えにくく、
アプリ版の連絡先からの発信で繋がるようであれば、デスクトップ版側に問題がありそうなため、PCをスマホのテザリングにして試してみると、PC側かネットワーク側かの切り分けは出来ると思いますが、+81の情報も含めお役に立てず申し訳ありません。