少し面倒ですが、【R回線】をデフォルトにしてあっても、連絡先に登録した相手で特定の相手だけ必ず【D回線】で発信するように設定することは可能です。
■設定方法(画像参照)
連絡先で【D回線】で掛けたい相手の電話番号を長押しして、メニューを出して「通話SIMを設定」を選択し、次のウインドウで【D回線】のSIMを選択して「OK」をタップします。
これを必要な相手について繰り返します。
この方法により、【R回線】をデフォルトにしておけばRakuten Linkで電話をしたとき番号通知され、連絡先で上の設定をした相手には通常の電話アプリから【D回線】で掛けることができます。