iPhoneの場合は相手がRakuten Linkを使用していなければ、通常の電話アプリに着信します。したがって、今回の場合はRakuten Linkは無関係と思われます
発信はRakuten Linkを使用すれば無料通話、通常の電話アプリを使用すれば有料通話となります。発信ができることを確認してください。
一度ネットワーク設定のリセットをお試しください。Wi-Fiの設定もリセットされますのでやり直しが必要です。
https://www.au.com/support/faq/detail/78/a00000001078/