私が知る限り楽天モバイルで２段階認証を使う設定にはできません。

楽天モバイルは楽天市場と同じ楽天IDとパスワードを使った認証ですが、以前から楽天へのログインには２段階認証の設定がありませんでした。

SMSによる認証は１通ごとに費用がかかりますし、それ以外のメールアドレスやワンタイムパスワードを生成するアプリを使った方法はログイン時の手間が増えるため "楽天関連サービスの利用頻度が減ってしまう" と考えて導入していないのではないかと思っています。