iPhoneユーザーだが楽天リンクにログインしていない

のであれば、こちらからRakuten Linkとデフォルトの電話アプリのどちらから掛けても相手側では通常の電話アプリに着信し、拒否設定されていれば着信履歴は残りません。

相手がRakuten Linkにログインしていれば、拒否設定は無効になるので相手の電話(Rakuten Link)に掛かります。