説明がつたなくてすみません、Rakuten Linkの初期設定です。デュアルSIMではないです。
本来の電話番号は090から始まるのですが、端末に登録されている電話番号が+81からになつており、その番号が自動入力されてしまいます。端末の電話番号の変更もできませんでした。

とりあえず何度も端末やアプリを再起動してみたのですが、状況は変わらず数時間ほど放置していました。
今は正しい電話番号が表示されるようになったので、無事に初期設定が完了しました。

原因は不明ですが、解決できました。
コメント頂きありがとうございました。

+81は国際電話形式ですね。
「090-1234-xxxx」は「+81 90-1234-xxxx」になります。
何らかの条件で電話番号が国際電話形式になることがあります。最終的には上手く初期設定できたのなら良かったです。

同じ現象です、自動で違う電話番号が入力されています、タップしても編集できない。。。

そのまま「確認」をタップすれば良いですよ。