端末を楽天モバイル公式サイトや楽天モバイルショップではなく、楽天モバイル公式楽天市場店で買った場合はmy楽天モバイルの購入履歴には反映されませんし修正もできませんが、特に気にする必要はありません。
端末保証は楽天モバイル公式楽天市場店の方に下記のように書かれています。

・製品保証サービスAppleCare＋へのお申込みは、iPhoneのご購入日から30日以内にAppleへ直接お問い合わせいただけますと、ご加入が可能です。
楽天モバイル公式楽天市場店でiPhoneをご購入いただく場合、楽天モバイル公式サイト・楽天モバイルショップで製品購入時にお申込が可能な製品保証サービス「故障紛失保証 with AppleCare Services」にお申込みいただくことは出来ませんのでご注意下さい。