流れをご説明すると、
①元々楽天2回線＋docomo1回線を契約
②楽天1回線→楽天端末、docomo1回線＋楽天1回線→iPhoneで利用(docomoは物理SIM、楽天はeSIM)
③不慮の事態でiPhoneを初期化→iPhoneから楽天eSIMが無くなる、楽天端末は変わらず使用
④iPhoneに再度楽天eSIMを入れるためSIM再発行依頼を出す→SMSにもメールアドレスにも認証コードが届かず手続きが出来ない

という流れです。

eSIMを削除したら、eSIM再発行のためのSMSは受信できなくなります。
楽天モバイルサポートに頼んで、一時的に2段階認証を外してもらってください。

チャットサポートで最初のAIアシスタントを一度使って「解決しなかった」とすると有人オペレーターに繋げられます。こちらも反応が遅いですが、焦らずに対応してください。
https://network.mobile.rakuten.co.jp/support/inquiry/

ありがとうございます。
有人サポートも何回も依頼してるんですが全く繋がらなくて・・・
ただSMSが届かないというのが確実になったので、ご指南いただいた方法で頑張ってみます。
ありがとうございます