解決策ではないのですが、電話発信の際に、楽天Linkか標準電話アプリを使うかを選択できるよう表示してくれるスマホアブリがあります。（Rakuten Linkサポーターというアプリ）

ナビから発信しようとすると、スマホ画面では上述のどちらをつかうか表示してくれます。運転中にスマホを見て操作することになるので、これはよろしくはないですね。