Android端末限定ですが、Rakuten Linkサポーターと言うアプリを使うと、通常の電話アプリから発信しようとするとRakuten Linkアプリのダイヤル画面に飛んでRakuten Linkを使って発信できます。
Rakuten Linkアプリのアイコンは分かりにくいところに移動しておけば良いでしょう。

Rakuten Linkサポーター
https://play.google.com/store/apps/details?id=app.web.rironriron.link