国内にいても通常アプリに着信があることが多くあります。
その際でも楽天Linkと通常アプリと両方に履歴が残るケースと通常アプリにしかのこらないケースがありますが、何が違うのでしょうか？

楽天Linkと通常アプリと両方に履歴が残るケースと通常アプリにしかのこらないケースがあります

私は両方に履歴が残る経験はありませんので
そのあたりは良く分かりませんが、通常アプリに着信したときに、お相手の方に「Rakuten linkで掛けている？」と聞いてみてはいかがでしょうか。