私も同じ症状で、#に登録されている連絡先に何か傾向があるのか眺めていたらヒラメキました！
漢字で始まる連絡先がここに分類されています。一方でふりがながついていない連絡先でも、ひらがな・カタカナ・アルファベットで始まる連絡先は正しく分類されています。

これはRakuten Linkのバグですね。今のところユーザー側では対処のしようがありません。
どうしてもと言うことなら、登録する連絡先の先頭に漢字を使わないことくらいしかありません。
例えば、「楽天モバイル→らくてん(楽天)モバイル」など。