iPhoneの初期不良は、期限内だったら無償交換してもらえるようですが、そのまま使われたのですね。
楽天モバイル側としては、初期不良品でICチップが壊れたのかどうか、Mdkさんが使っている時に壊してしまったかどうか、という判断が出来ないと思うのです。
返却した場合、料金が請求される可能性もあると思います。
楽天モバイル公式の「お問い合わせ」で電話やチャットで相談してみてください。
ちなみに「楽天モバイルiPhoneアップグレードプログラム」は、名前が変わって、「楽天モバイル買い替え超トクプログラム」となっています。
▼楽天モバイル買い替え超トクプログラム(盗難・紛失の場合/製品が故障した場合)
https://network.mobile.rakuten.co.jp/guide/replacement-program/loss/
▼お問い合わせ
https://network.mobile.rakuten.co.jp/support/inquiry/