ポイントを利用した分も含めて、ご利用代金の1％分のポイントが翌々月の25日に付与されます。
また、ご利用代金全てをポイントでお支払いいただいた場合にも、ポイントは付与されます。

楽天ポイントで支払っても、付与されるポイントは減りません。
https://network.mobile.rakuten.co.jp/faq/detail/00001576/

ポイント払いにおける付与ポイントは、ポイント払い以外と同じかと思います。

公式サイトで、楽天モバイルの料金について「お支払い100円（税別）につき楽天ポイントが1ポイント」が「ポイントでお支払いいただいた場合にも、ポイントは付与されます」とあります。

(参考URL：https://network.mobile.rakuten.co.jp/faq/detail/00001576/)