iPhoneSE(第二世代)もiPhone 16eもSIMスロットはあります。どちらの機種もSIMカードとeSIMの両方に対応しています。
iPhoneの機種変更については下記を参考にしてください。
https://network.mobile.rakuten.co.jp/faq/detail/10001082/

eSIMの再発行ではなく、クイック転送と言う方法もあります。この方法は楽モバイルに依頼する必要がありませんので、先にこれを試して上手く行かなければeSIM再発行を依頼してください。
https://network.mobile.rakuten.co.jp/guide/iphone/setting/esim-upgrade/