下記の質問を参考にしてください。
https://community.mobile.rakuten.net/questions/krwrrxshwyak4ul4
以下は私が書いた回答です。

Web上には情報がなかったので、チャットサポートに聞いてみました。下記の手順で紹介キャンペーンは適用できるそうです。
途中まではWebで手続きする感じですね。

受信されたキャンペーン紹介URLに記載のURLをクリックいただき、楽天IDで紹介ログイン後に店舗にてご契約されても適用されます。