カーナビでBluetooth経由の電話発信をすると通常の電話アプリでの発信(有料)になります。
着信はRakuten Linkにログインしているとカーナビ側には着信通知が行かず、電話に出ることができません。Rakuten Linkからログアウトしていれば通常の電話アプリに着信するのでカーナビで電話に出られます。これはAndroid端末なら同じです。
iPhoneの場合は(相手がRakuten Link利用でなければ)通常の電話アプリに着信するのでカーナビで電話に出られます。

上記の問題を解決するには、下記の2つの質問の回答を参考にしてください。
https://community.mobile.rakuten.net/questions/zipun68gfbwfspcj
https://community.mobile.rakuten.net/questions/f5m0nwztblytiax2